Gemessen mit anderen Orten im nördlichen Landkreisteil sind Hohenau und die umliegenden Ortschaften verhältnismäßig früh besiedelt worden. Hohenau dürfte in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts, etwa um 1380, gegründet worden sein. 1401 wird im Zusammenhang mit der Herrschaft Puchberg Wildenstein bereits der Ort Saulorn erwähnt, als es um die Grenzfestlegung ging.
Die zweitältesten Diözesanmatrikel aus dem Jahre 1429 nennen Hohenau als Pfarrei noch nicht, wohl aber befand sich urkundlich 1476 ein "Benefizium bei der Kapelle". Die Diözesanmatrikel im Schottenkloster zu Wien aus dem Jahre 1476 führt eine "ewige Messe" zu Hohenau auf. Zur Pfarrei wurde Hohenau um 1500 erhoben und ist somit eine der ältesten Wolfsteiner Pfarreien. 1506 wird die Pfarrei dem Kollegiatsstift St. Salvator in Passau-Ilzstadt zugeteilt. Wir hören 1613 von einem Kir-chenbau in Hohenau. Es dürfte sich um die Erweiterung gehandelt haben, denn das gotische Presbyterium, das uns erhalten blieb, geht auf die Zeit um 1500 zurück. Der Ort Hohenau entwickelte sich nur sehr langsam.
Die Witterungsverhältnisse machten sich bemerkbar. Man zählte 1538 neun Häuser, genau so viel wie das nahe Dorf "Zum Khirchen", das heutige Dorf Kirchl. Zu jener Zeit war Hohenau schon ein beliebter Wallfahrtsort der Freyunger Wallfahrer: "Ist dem Kreuztrager gehen Hohenaw 4 d(enar) (gegeben worden)", heißt es in der ältesten Freyunger Kirchenrechnung von 1557.
1737 wurde die barocke Pfarrkirche gebaut (Langhaus und Turm, sowie das Gehäuse der Orgel stammen noch aus dieser Zeit). Der Turm wurde damals als Zwiebelkuppel gebaut und hat erst 1892 ein Spitzdach aus Schiefer erhalten

Am 1. Juni 1964 war unter Pfarrer Josef Antesberger die Kirchenerweiterung und -erneuerung, am 13. November war bereits Richtfest.
Am 10. Oktober 1965 war die Kirchenweihe und Altarkonsekration durch Diözesanbischof Simon Konrad Landersdorfer , Passau.